Hal tersebut lantaran Ali menggunakan I.R.I.S. (Infinity Retinal Intelligent System) yang akhirnya membawa ia ke dalam sebuah agen rahasia.
Baca Juga: LINK Download Streaming Ejen Ali Musim 3 Episode 1-13 Sub Indonesia Tanpa Iklan, Saksikan DI SINI
Karakter Ali dipaksa untuk mengembalikan I.R.I.S. dan melanjutkan tugasnya sebagai agen M.A.T.A. tanpa itu.
Di season ketiga Ejen Ali, Ali, Alicia dan agen junior lainnya diundang untuk bertanding di MATA Arena bersama agen senior.
Sementara itu, Rizwan yang kini bersekutu dengan mantan anggota Numeros, Dos harus menghentikan Cinco melanjutkan warisan Uno.