Universitas Atma Jaya Yogyakarta didirikan pada 27 September 1965 oleh Yayasan Slamet Rijadi Yogyakarta.
Awalnya kampus ini sebagai cabang Universitas Atma Jaya Jakarta, kemudian memisahkan dan menjadi independen di bawah Yayasan Slamet Rijadi pada tanggal 31 Agustus 1973.
Dimulai dengan meminjam ruang kelas di IKIP Sanata Dharma, kini Universitas Sanata Dharma, pembangunan gedung kampus sendiri selesai pada tahun 1980 yang berlokasi di Jalan Demangan Baru 28, berseberangan dengan Universitas Sanata Dharma.
Dengan semakin berkembangnya jumlah mahasiswa, pada tahun 1990 bertepatan dengan pesta peraknya, rektorat dan Fakultas Teknik menempati gedung baru di Jalan Babarsari.
Pada tahun 1995, Fakultas Ekonomi dan Program Magister juga menempati gedung baru, di seberang gedung rektorat, juga di Jalan Babarsari Yogyakarta.
Berikut adalah link pendaftaran mahasiswa baru Universitas Atma Jaya Yogyakarta.
4. Universitas Sanata Dharma Yogyakarta
Universitas Sanata Dharma adalah universitas Katolik yang berlokasi di Yogyakarta. Dikenal juga dengan sebutan USD atau Sadhar.
Sanata Dharma dibaca Sanyata Dharma, yang berarti "kebaktian yang sebenarnya" atau "pelayanan yang nyata".