Selepas lulus dari pendidikan Peta, ia diangkat menjadi komandan kompi di Banyumas sebelum akhirnya ditunjuk sebagai komandan batalyon.
Setelah kemerdekaan, Gatot Subroto memilih masuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR) dan kariernya berlanjut hingga dipercaya menjadi Panglima Divisi II, Panglima Corps Polisi Militer, dan Gubernur Militer Daerah Surakarta dan sekitarnya.
Setelah kemerdekaan Indonesia diproklamirkan, Gatot Subroto kemudian membentuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR) yang merupakan cikal bakal nama Tentara Nasional Indonesia yang ada kini.
Baca Juga: TERBARU 3 Aplikasi Speeder Tanpa Iklan Main Higgs Domino Island: Beserta Link Download Versi Update!
TKR dipimpin oleh Kol. Sudirman di mana saat itu Gatot Subroto menjabat sebagai Kepala Siasat dan berganti menjadi Komandan Divisi dengan pangkat Kolonel setelah prestasinya yang dianggap gemilang dalam pertempuran Ambarawa.
Pada tahun 1948 terdapat Peristiwa Madiun yang melibatkan pihak Partai Komunis Indonesia (PKI) dan Tentara Nasional Indonesia.
Pemberontakan tersebut berada di wilayah Madiun, Jawa Timur, yang kemudian berhasil diatasi.
Saat melawan PKI, Gatot Subroto melancarkan operasi militer agar dapat memulihkan keamanan.