Melalui tangan dinginnya, ia berhasil melumpuhkan pemberontakan Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia-Perdjuangan Rakjat Semesta (PRRI/Permesta) yang ada di Sumatra dan Sulawesi Utara.
Pada tanggal 11 Juni 1962, Gatot Subroto meninggal di usia 54 tahun denga pangkat terakhir Letnan Jenderal.
Ia adalah penggagas akan perlunya sebuah akademi militer gabungan (Angkatan Darat, Angkatan Udara, Angkatan Laut) untuk membina para perwira muda.
Gagasan revolusionernya tersebut diwujudkan dengan pembentukan Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia pada tahun 1965.***