Sejak Juni 2010 Moeldoko diamanahi oleh SBY sebagai panglima komando daerah militer 12/Tanjungpura. Jabatan ini dia emban sampai Oktober 2010.
Oktober 2010 sampai Agustus 2011, Moeldoko menjabat sebagai Panglima Komando Daerah Militer III/Siliwangi ke-30.
Masih dalam masa kepemimpinan SBY sebagai presiden Republik Indonesia Moeldoko diangkat sebagai Kepala Staf TNI Angkatan Darat ke-28 terhitung sejak 20 Mei 2013 sampai 30 Agustus 2013.
Pada Agustus 2013, Susilo Bambang Yudhoyono mengangkat Moeldoko sebagai Panglima TNI.
Sebagaimana Artikel ini telah terbit di media Pikiran-rakyat.com dengan judul "Soal Kudeta Demokrat, SBY Merasa Malu Sempat Berikan Moeldoko Jabatan Panglima TNI" yang tayang pada Sabtu 6 Maret 2021.*** (Pikiran-rakyat/Amir Faisol)